UIN Alauddin Makassar merupakan Satuan Kerja yang telah menerapkan pengelolaan Badan Layanan Umum (BLU) berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 330/KMK.05/2008 sejak Tahun 2008. Dalam rangka menjalankan fungsi pengawasan intern, pimpinan instansi BLU dalam hal ini Rektor UIN Alauddin Makassar membentuk unit Satuan Pengawasan Internal yang dasar penetapannya melalui Peraturan Menteri Keuangan Nomor 200/PMK.05/2017 tentang Sistem Pengendalian Intern pada Badan Layanan Umum.
Pembentukan SPI untuk menjalankan fungsi pengawasan intern bidang non-akademik dan mendukung perwujudan Good University Governance, yang meliputi, transparansi, kemandirian, akuntabilitas, kewajaran, dan kepatuhan terhadap peraturan perundang-undangan. Awal mula kehadiran SPI pada bulan Juni tahun 2012. Berselang beberapa tahun kemudian, saat ini SPI dipimpin oleh seorang Kepala dibantu seorang Sekretaris berstatus Pegawai Negeri Sipil, serta didukung oleh auditor intern non-Pegawai Negeri Sipil, yang merupakan alumni Jurusan Akuntansi yang direkrut untuk memaksimalkan kinerja pemeriksaan, penilaian, dan aktivitas pengawasan.
