- Satuan Pemeriksa Internal adalah subyek kepemimpinan dan sistem pengawasan internal UIN Alauddin Makassar yang berkedudukan langsung di bawah Rektor dan independen terhadap semua unit kerja di lingkup UIN Alauddin Makassar.
- Satuan Pemeriksa Internal dipimpin oleh seorang Ketua dan seorang Sekretaris, beranggotakan 7 orang auditor yang terbagi dalam 3 divisi, yakni Audit Kepatuhan dan Verifikasi, Audit Laporan Keuangan dan Sistem Pengendalian Internal, dan Audit Aset Tetap dan Audit Khusus, dan satu orang staf administrasi.
- Satuan Pemeriksa Internal memberikan rekomendasi kepada Rektor UIN Alauddin Makassar selaku pucuk pimpinan universitas sebagai bahan pertimbangan untuk menetapkan kebijakan-kebijakan dalam menjalankan aktivitas non akademik (administrasi dan keuangan).
- Untuk menjaga independensi, Ketua, Sekretaris, dan anggota Satuan Pemeriksa Internal bebas dari politik praktis kampus.
